長島の願証寺も蓮如6男の蓮淳が開基なので、この一家衆の流れのようですが、Wikipediaを見たところ蓮淳は加賀門徒の内紛に、娘婿である超勝寺の実顕方へ肩入れして下間兄弟を派兵したそうで。
幼くして法主となった証如の母が蓮淳の娘ということで、今ではむしろ加賀門徒の内紛の原因は、法主を抱き込んだ蓮淳の専横に対する加賀一家衆の反発とされているのでしょうか。

http://ja.wikipedia.org/wiki/享禄・天文の乱 が詳しいですね。
畿内大名の勢力争いとの関連が詳しく書かれてますが、参考文献の一つに吉川弘文館の『戦争の日本史14 一向一揆と石山合戦』が。やはりこちらが本命か…。