義輝暗殺は三好宗家の後継者となった義重（義継）と松永久通、三好長逸が主導したと推測されていますが、長慶の死が伝わっていなかったこともあってか、『信長公記』には「天下執権」たる三好長慶に対して義輝が「御謀反を企てらるるの由」とあるそうです。（近世に成立したはずの『北条五代記』でも長慶が義輝を討ったとされているとか）

また、義継の母が近衛家と関白の座を争った九条家の出身であったためか、義輝暗殺後に近衛家も討伐されるのではとの噂が立ったそうです。

義継は栄転授与により将軍並に家格を上昇させた三好宗家を継ぎ、九条家にも縁を持つ最高級の貴種で、当初は長慶の意志を継いで足利将軍家に代わる地位に立とうとしていたようで、義重から義継に名を改めるに当たり、同じく足利家の偏諱を受け「義久」と名乗っていた松永久通の偏諱を解消させています。

しかし、阿波三好氏と手を組み松永氏を排除した三人衆は篠原長房の助力を得て足利義栄を担ぎ出し、義継を軽んじたため、義継も松永久秀の元に身を投じることになるわけです。

三人衆政権は長慶が行ってきた足利家の権威への挑戦に逆行する選択をしたわけで、そういう視点で見ると、落日の阿波三好氏を支えた名臣とされる長房も、ちょっと違ったイメージに感じられてきます。
長房は義継の実父・十河一存とは不仲だったと伝えられる逸話もあり、長慶没後の義継への態度を考えるとあながち根拠のない話ではないのかもしれません。