荼枳尼天法を伝えた伏見稲荷本願所の愛染寺は、応仁の兵火からの再建に活躍した勧進僧の本拠地として発展したものですが、江戸時代は京都奉行の保護を受け幕府との関係が深く、幕末には桂小五郎を匿うなど攘夷派に肩入れした神主家とは対立していたこともあり、明治維新後は廃寺されています。
（三天和合尊像は東寺が所蔵していますが、この時に持ち出されたものでしょうか。）

神仏習合時代の吒枳尼信仰を伝えているのが、いわゆる「仏教系稲荷」の豊川稲荷（妙厳寺、曹洞宗）、最上稲荷（妙教寺、日蓮宗）になります。
最上稲荷は元々天台宗でしたが、高松城の戦い後に入城した花房正成が熱烈な法華門徒だったため、改宗し（させられ？）てます。