ここからは本作の範囲外なのでWikipediaの記述から…

貞慶は家康の後援を得るに当たり、長男の貞政を石川数正に預けていたのですが、数正が秀吉の元へ出奔した機会に親子揃って秀吉方へと鞍替えし、貞政は秀吉の偏諱を受けて秀政と名乗ります。
秀吉家臣としての貞慶は、小田原攻めに功があり讃岐半国を与えられたものの、尾藤知宣（九州平定戦で仙石秀久の後を継いで軍監になり、同様にポカやらかして改易された人）を保護したことで秀吉の怒りを買って改易されたりと、あまり良い結果を結ばなかったようです。

一方で長男の秀政は家督を継ぐ際、秀吉の仲介で家康の孫娘（松平信康の長女）と結婚、また秀政の息子の忠脩も、本多忠勝の嫡男・忠政（あの小松姫の弟ですね）の娘と結婚します。忠政の正妻は松平信康の次女であったため、本多家と小笠原家は強い縁で結ばれていたことになります。
秀政は父とともに再び徳川家臣となり、貞慶の死後、大阪夏の陣における天王寺口の戦いで負った戦傷により死亡、息子の忠脩も戦死、惣領家は秀政次男の忠真が継ぎましたが、これらの功績によって、外様ながら格別の信頼を得ることになりました。

流浪の小笠原氏が諸大名に厚遇されたのは、馬術や弓術などの武家故実を伝承する家柄だったためとも言われていますが、それらの故実も元々は長時ら信濃府中の惣領家ではなく、足利義教の代に奉公衆として将軍家に仕えた京都小笠原氏が伝えていたものだそうです。
三好氏を頼り上洛した際、京都小笠原氏の援助を受けていたのでしょうか。没落後も貞慶がたびたび上洛しているのも、その繋がりを維持するためだったのかもしれません。

ちなみに「小笠原貞慶」で検索して上位に表示される「ニコニコ大百科」のページには、信長の野望シリーズでは優秀な家宝を持つ凡庸な武将という評価のようで、「家宝ボッシュートされた後に爆弾として投下される事に定評がある」などと書かれてました。ひどい…