そうなんですよねぇ。丁寧な表現として使われているんですよねぇ。本来は謙譲語なので、餌やりや水やりに「あげる」を使うのは、おかしいと言えばおかしいのですが、今の言葉遣いでは「やる」の方が違和感が強いですよね。

そもそも「やる」が必要ない文章に「あげる」が入っているのは、過剰な丁寧表現（それに、それ丁寧語じゃないよ、誤用だよっていう）だと思うので、余計に違和感を覚える人が多いのかなぁ。
私も「鶏の筋をとってあげる」「このトップスに、このパンツを合わせてあげる」は、んぎゃぎゃ…って思います。