D40が2年半ほど前に発売された機体で、D90が半年ぐらい前の機体だというのもあるんですが、有効画素数が倍近く差がありますからね
どれだけ違うかっていうのを説明しにくいところではありますが、見慣れてくると画素数の違いもちょっとだけ目につくかもしれないです
なんといってもそんなにひょいひょい買い換えるもんでもないでしょうしね、グレードとはちょっと違いますが、どうせなら同レベルで性能もいいほうをお薦めしたいといった感じです