生殖機能の除去というのが性同一性障害者特例法のなかに書いてあったはずっす（手許に六法がないので条文しらべてないんすけどすんません）。それと、外観上の要件というか他の性別の身体の性器に近似する外観をもってないと、裁判所の許可っておりなかった気がします。
で、仮に女性としての生殖機能を残したまま男性への戸籍の変更を認めたときに仮にその女性が子を産んだとしたら、その子の戸籍は男性と別の男性の間に生まれた子になっちまうので都合が悪いのです。かといって子供を産まないなんて公序良俗にかかわるような誓約書を書かせるわけにもいきませんし。