>はてなのIDって長期間使ってないものってやっぱ勝手に消されるものなのかしら？
>（ちなみにたぶん2004年ぐらいからそのIDは全然使ってない・・・。）

はてなのIDは自らが削除するか、運営から強制的に削除されない限りは、現在でも残っているものと考えられます。
（ただし、はてなポイントは最後に利用した日から1年間＋猶予期間1ヶ月を過ぎると強制的に削除（没収）されます。
はてな利用規約第7条7→「登録ユーザーが保有するポイントについては、当該ユーザーが本サービスにて実際にポイントの支払いもしくは受け取りを行った最終利用日から1 年間を有効期間とし、1年を経過したポイントについては無効になるものとします。なお、マイナスポイントについては、これに準ずるものではありません。」）

お探しのIDがメインアカウントであれば、利用規約違反に該当する可能性があるので、そのままにしておいた方が無難です。
（利用規約第6条3-2に「ユーザー名を共有する行為、当社の許諾無く1人でメインアカウントを複数保有する行為、当社が許諾する数を超えるサブアカウントを保有する行為」を禁止行為としているからです。）
　
サブアカウントの場合は、アカウントの切り替え（http://www.hatena.ne.jp/ユーザーID/config/account）で確認する事ができます。