マジレスすると、関連する博物館等に声をかけて、貸し出して保存ないし展示してもらっているようです。理由は「餅は餅屋」。
・旧交通博物館の時代と比べて、航空や自動車の専門民間展示施設が増えてきた（移転プロジェクトサイトのFAQにありました）
・旧交通博物館→鉄道博物館の段階で旧国鉄系財団の管理を離れるので、競合交通機関のPRを直接する義務がなくなる（これは憶測）